El Prelado del Opus Dei se trasladó a México el 21 de enero, para acompañar, junto con otros Obispos, a Su Santidad Juan Pablo II en las jornadas de conclusión de la Asamblea Especial para América del Sínodo de los Obispos, en el que había tomado parte en Roma, en diciembre de 1997.

El viernes 22 de enero, como numerosas autoridades eclesiásticas y civiles del continente americano y una incontable multitud de fieles, acudió al Aeropuerto Internacional Benito Juárez, de la Ciudad de México, para recibir al Santo Padre.

Al día siguiente, 23 de enero, participó en la solemne concelebración eucarística, presidida por S. S. Juan Pablo II, con la que concluía la Asamblea especial para América del Sínodo de los Obispos. Durante la Santa Misa, que tuvo lugar en la Basílica de Guadalupe, el Santo Padre promulgó la exhortación apostólica post-sinodal «Ecclesia in America».

El domingo 24 de enero, en el Autódromo de la Magdalena Mixuca, tuvo lugar una solemne celebración eucarística con el Romano Pontífice a la que asistieron unos dos millones de personas, sobre todo jóvenes. También a esa cita acudió Mons. Echevarría, así como al “Encuentro con representantes de todas las generaciones del Siglo”, que reunió al día siguiente unas ciento veinte mil personas entorno al Santo Padre, en el Estadio Azteca.

Mons. Javier Echevarría, que participó en esta Asamblea especial como miembro de designación pontificia, acompañó, junto con los demás Obispos integrantes de la Asamblea, a Juan Pablo II en otros actos de esta visita pastoral a México.